Miejscowy pastor Władysław Pilchowski zgromadził bogate zbiory dokumentów, w większości starodruków, dotyczących historii reformacji głównie na Mazurach, Śląsku i Pomorzu oraz innych regionach I Rzeczpospolitej. W 1973, gdy Pilchowski był na emeryturze, utworzył Muzeum Reformacji Polskiej, którego zadaniem było przede wszystkim zachowanie cennych dokumentów, związanych z rozwojem protestantyzmu na Mazurach; takie dokumenty były często bezmyślnie niszczone w okresie PRL.

Muzeum posiada unikatowy zbiór zabytków piśmiennictwa i drukarstwa polskiego na Mazurach do 1945. Zbiory muzealne zawierają również inne cenne druki, dokumenty, zdjęcia, itp., związane z ruchem reformacyjnym (i nie tylko) na terenie Polski i Europy.

Najstarszy starodruk pochodzi z 1658. Są księgi parafialne, tablice z nazwiskami mieszkańców Mikołajek, poległych podczas wojen napoleońskich. Jest też Biblia w języku polskim z 1726.

Zgromadzone w Muzeum wydawnictwa książkowe obejmują nie tylko druki oficyn królewieckich, które najczęściej zaopatrywały ewangelików mazurskich i wydawały np. Kancjonały polskie aż do początków XX wieku. Są też wydawnictwa i cieszyńskie i dolnośląskie (brzeskie i oleśnickie), berlińskie i łużyckie (m.in. XVIII – wieczne).

Bogate są zbiory czasopiśmiennicze. Najwięcej spotykamy pism wychodzących w Cieszynie. Jest też dokumentacja poświęcona ewangelikom warszawskim oraz zbiór map historycznych regionu mazurskiego. Zbiory dopełniają kopie obrazów słynnych pastorów.